この大会は身体障害者の競技力向上のために、高いレベルの選手による競技大会として1991年から陸上競技と水泳競技、1993年度からアルペン競技とノルディック競技、1994年度からはアイススレッジスピードレースとアイススレッジホッケーが実施されています。1998年度からはアーチェリー競技が加えられ、また、陸上、水泳とノルディック競技に知的障害者の種目が加えられました。

1.水泳競技大会
　水泳競技大会は身体障害者水泳競技の競技力向上のために、高いレベルの選手による競技会として開催され、指定された大会（日本選手権、関東及び近畿選手権大会など）において、標準記録に到達した約100名の選手を選抜して競技が行われています。競技種目は、個人メドレーは、200ｍ、自由形は50ｍ、100ｍとクラスによっては、200ｍ、400ｍ、その他の種目は、クラスによって50ｍか100ｍのどちらかを実施します。
　この大会の特色は、国際競技と同じ規則で開催するために、視覚障害者と、肢体不自由者は、国際パラリンピック委員会、聴覚障害者は、国際ろう者スポーツ委員会の競技規則を適用することになっています。障害による特別な規則以外は国際水泳連盟（ＦＩＮＡ）の競技規則が適用されます。

2.水泳のクラス分け
　身体障害者の競技会では、障害が競技結果に影響することを少なくするために、障害の程度によってクラス（区分）が分かれています。ただし、聴覚障害者、知的障害者は、クラス分けはありません。
　視覚障害者は次の3つのクラスに分かれています。
　　　Ｂ１　視力は、光覚以下。まったく見えないか、光を感じるまで。
　　　Ｂ2　視力は30ｃｍ離れた手の形が見えるところから、矯正視力が０．０３まで。視野は５°以下。
　　　Ｂ3　視力0.03から0.1まで。視野は、5°〜20°まで。
　肢体不自由者は、脊髄損傷者（車椅子使用者）、切断、機能障害、脳性麻痺者、脳血管障害者などの障害別のクラス分けではなく、実際の競泳時の身体の能力によって１０クラスに分ける方法で行っています。ジャパン・パラリンピック水泳競技大会はこの方法で行います。
　この方法は、身体を上肢１７、体幹５、肢体を13ヶ所に分けて、障害に応じて筋力、関節可動域、協調性テスト、それぞれ５ポイントの評価を行い、その得点（２８０点満点）と飛び込みスタートとターンの得点（１０点ずつ）を加えた得点を参考にし、実際の泳ぐ時の姿勢や動き（能力）により１０のクラスに分けます。
しかし、平泳ぎ（ＳＢクラス）は、上肢１１０点（11ヶ所）、体幹50点（５ヶ所）、肢体１２０点（12ヶ所）と肢体の点数の割合を大きくし、平泳ぎ以外（Ｓクラス）の泳法は肢体１30点（13ヶ所）、体幹50点（5ヶ所）、肢体100点（10ヶ所）と上肢の点数の割合が大きくなっています。さらに、個人メドレーは、〔ＳＢ（クラス）+３Ｓ（クラス）〕/4の計算式で行います。このようにクラス分けは大変手数がかけられています。